国清寺为建于清早期的建筑为官式建筑，弥勒殿和雨华殿为单檐歇山顶，大雄宝殿为重檐歇山顶，三圣殿、罗汉堂和禅堂是典型的南方厅堂建筑，妙法堂、方丈楼和迎塔楼为中西合璧。
国清寺依山就势，层层递高，按四条南北轴线布列六百多间古建筑，分为五条纵轴线，正中轴由南而北依次为弥勒殿、雨花殿、大雄宝殿、药师殿、观音殿；还有放生池、钟鼓楼、聚贤堂、方丈楼、三圣殿、妙法堂（上为藏经楼）伽蓝殿、罗汉堂、文物室等，大雄宝殿正中设明代铜铸释迦牟尼坐像。西轴线为安养堂、三圣殿、罗汉堂（文物室）、妙法堂（楼上为藏经阁）。东一轴线为聚贤堂（僧众餐厅）、方丈楼、迎塔楼。东二轴线为里客堂、大彻堂和修竹轩。